修改了以下规则：

合理冲撞区：为了避免奥尼尔在篮下的强大威力，联盟修改了篮下合理冲撞区的大小，从而使得其他球员在进入该区域时更加谨慎。

三秒违例：为了减少奥尼尔在篮下的统治力，联盟修改了三秒违例的规则，将其时间从原来的三秒钟减少到了两秒钟。

联防：针对奥尼尔在场上的强势表现，联盟开始使用联防战术来限制他。这个战术要求两到三名球员紧贴在一起，限制奥尼尔在场上的自由度。

最后两分钟对无球球员犯规判罚两罚一掷：为了避免奥尼尔在比赛最后时刻被对手犯规而导致任何形式的加罚，联盟修改了最后两分钟对无球球员犯规的判罚规则，将其改为判罚两罚一掷。

总的来说，NBA针对奥尼尔修改了多项规则，以限制他在场上的统治力，确保比赛的公平性。